طبقا للطقوس الكنسية يتم عمل تحنيط لجسد البابا شنودة بما يسمح بعرضه بملابسه البابوبة الرسمية الكاملة ويوضع على كرسى مارمرقص داخل الكنيسة الكبرى بالكاتدرائية لمدة لا تقل عن ثلاثة أيام، يسمح خلالها لأساقفة وكهنة الكنيسة والأقباط بالدخول بعملية منظمة لتوديع بابا الكنيسة.
وتتم عملية التحنيط بما لا يسمح بالتأثير على جسد البابا الذى يعتبر قديس هذا العصر ويدخل الجميع لتوديعه قبل الإعلان الرسمى عن مراسم الصلاة الجنائزية الرسمية بحضور مسئولى الدولة والشخصيات العامة لإقامة الصلاة الرسمية وحضور أساقفة وكهنة أقباط المهجر، وخلال هذه الفترة يتم الإعلان عن القائم مقام، والذى هو الأقرب له الأنبا باخوميوس مطران البحيرة والأكبر سنا، حيث يتم وضع الإجراءات اللازمة للجنازة وإدارة الكنيسة ويقوم بتشكيل لجنة من المجمع المقدس وأعضاء المجلس الملى لإدارة عملية الكنيسة وتلقى طلبات الترشيح على كرسى مار مرقس بعد أربعين يوما من رحيل البابا وتقوم الجنة بالإشراف على العملية الانتخابية وحتى القرعة الهيكلية وتنصيب البابا الجديد.
